Il territorio è abitato in epoca remota, tanto che scavi archeologici, iniziati sin dall’Ottocento hanno riportato in luce monete greche, romane, bizantine, tombe e corredi funerari.

Sembra che Capizzi abbia origine dall’antica Kapition, urbs capitina, ricordata da Cicerone come importante città, oppressa da Verre. E’ anche annoverata dal geografo Tolomeo fra le città interne della Sicilia con il nome di Capytium, così chiamata per la forma del colle Verna sul quale è adagiata, che ricorda una testa o un cappuccio.

L’attuale abitato risale probabilmente al periodo arabo se è vero, come riportano gli storici locali, l'abitato è conquistato dai Normanni, includendolo fra i beni del Demanio Regio. Federico II concede la Terra di Capizzi al proprio figlio naturale, Federico di Antiochia, che la mantiene fino a quando Pietro II d’Aragona la concede a Matteo Alagona, maestro giustiziere del Regno. Sotto Federico, tra il 1232 e il 1233, parte della popolazione si rivolta ed è punita con la distruzione delle loro case e con il bando dalla borgo, nonché con la costrizione a dimorare a Palermo, minacciando severe punizioni a quei paesi che avessero accettato di ospitare i rivoltosi.

Successivamente il feudo passa a Francesco Polizzi, a Bernardo Spatafora (1361), a Sancio Ruiz de Lihori (1408).

Nel 1555 Capizzi ottiene da Carlo V il titolo di Aure e nel 1674 da parte della regina Marianna d'Austria il titolo di Fedelissima, anche se si era levata nel 1543 contro gli stessi austriaci per liberarsi dalle oppressioni dei feudatari. E' infatti nel 1630 che la "Regia Corte" decreta di non affidare più il territorio di Capizzi (e quello di Mistretta) ai Baroni, poiché gli abitanti hanno versato una congruente somma in denaro. Perciò fino al 1682 il Centro e il territorio di appartenenza rimangono nel Regio Demanio, quando Lancellotto Castelli acquista Capizzi e con questo il titolo di Marchese, con diritto di sedere in parlamento.

Per molti secoli Capizzi fu sede del Giudicato, ossia della Pretura, dell'Archivio notabile comunale e dell'Ufficio del registro.

Il giorno 8 marzo 1705, a causa del rincaro del prezzo del pane, la popolazione si solleva, ma la sommossa è sedata dall'intervento dal Clero e in particolare dell'arciprete Mazzarà. Il 22 luglio 1820 la popolazione assalta la residenza del barone Nicolò Larcan Lanza, mette a fuoco suppellettili e arredi, nonchè i ruoli delle pubbliche tasse. Una nuova sommossa è annoverata il 1° settembre 1849, in seguito alle riscossioni della tassa sul macinato.