Anticamente ha fatto parte dei possedimenti di Giuseppe Sollima, Alessandro Galletti, Giovanni Pietro II. E fino al 1909, come Malfa, ha fatto parte del Comune di Lipari.

Il Comune di Santa Marina è ubicato nell’isola di Salina, celebrata dagli antichi autori sotto il nome di Didyma, che vuol dire Gemella (altro nome con il quale l’isola è stata indicata nel tempo). La denominazione oggi prevalsa di Salina, deriva dalle ricche saline che si trovano in Località Punta Lingua, zona salmastra. L’antica denominazione di Gemella o Didyma si riferisce alla sua conformazione geofisica, poiché distinta in due coni vulcanici, infatti nel suo territorio è possibile riscontrare crateri vulcanici estinti. A sud.est osserviamo il Monte Salvatore o Montagna grande (altitudine 962 metri sul livello del mare) con un cratere detto Fossa dei Filici. L’altro cono vulcanico è a nord-ovest (altitudine 859 metri s.l.m.) chiamato Monte Vergine o Monte Porsi o Montagna Piccola, con un cratere contornato di scorie angolari.

Cluverio descrive Salina rigogliosa di alberi da frutto e di viti, che producono uve nere con piccoli o grossi acini (tra cui è famosa la varietà passalina) e uve passite dolcissime dalle quali si ricava un ottimo vino, noto con il nome di "Malvasia", un vino appunta Vito amico "adibito alle mense degli opulenti".

La bontà dei suoi prodotti agricoli dipende direttamente dall’esposizione e dalla qualità del suolo. L’isola è originata geologicamente da lave ammonticchiate, prodotte da antichi crateri: la roccia assomiglia al porfido ed abbonda di aragoniti. Nell’isola si cava anche Allume di Rocca.

In mare si rinvengono varietà corallifere e una gran quantità di molluschi nudi e conchigliferi, i più grandi dei mari di Sicilia: Syliquariae, Murex, Cyprea Monodonia, Trochus, Gibula.