Il Centro si costituito, in epoca medioevale, tra la fiumara d'Agrò, e il capo di un costone roccioso prospiciente al mare, formato da uno scosceso promontorio di dolomia biancastra, chiamato anticamente Arghennon . L'abitato trae origine dalla doppia fortificazione sorta su questo costone, e vi si è successivamente sviluppato intorno.

Il nome del paese è stato dato in omaggio a S. Alessio, il cui culto è stato diffuso fra la popolazione dai monaci basiliani che in epoca bizantina dimoravano sul capo.

E' stato feudo di molte Famiglie baronali, per ultima la Famiglia dei Paternò Castello.

Sant'Alessio è comune di recente autonomia amministrativa, ottenuta il 7 giugno del 1948 distaccandosi territorialmente da Forza D'Agrò.