La vita del monastero di S. Filippo di Fragalà si può suddividere in tre periodi: il primo, dall’XI al XIII secolo, coincide con l’accrescimento materiale e culturale merito delle donazioni e dei privilegi concessi dai normanni, in questo periodo vengono affrescate le pareti della chiesa. Nel corso del secondo, dal XIV al XV, si assiste ad un lento decadimento del complesso monastico coincidente con il deterioramento dell’elemento greco, che ha avuto un ruolo importante durante il diffondersi del monachesimo basiliano. In particolare nel 1490 nel rispetto della Bolla di Innocenzo VIII, S. Filippo di Fragalà fu aggregato all’Ospedale Grande di Palermo, perdendo definitivamente la propria  autonomia e il proprio prestigio.

 Infine nel terzo periodo, ovvero nel 1866, con la confisca dei beni si avvia una fase di lungo abbandono e deterioramento che durerà   fino al 1995, anno in cui hanno inizio i lavori di restauro.

Dal punto di vista architettonico è interessante tracciare la struttura della chiesa normanna che presenta una pianta a croce latina a forma di T, a navata unica con abside centrale e due laterali, a destra del transetto si trova il campanile e al centro dello stesso è stato costruito un tiburio ottagonale. Gli affreschi che ricoprivano le pareti sono andati in parte perduti, tuttavia rimangono visibili, partendo dall’abside centrale, Cristo seduto su quello che appare essere un arcobaleno, sotto la Madonna di cui ben si evidenzia il volto, accanto alla Madonna due angeli e i dodici apostolici cui solo otto sono visibili, si tratta probabilmente di una rappresentazione dell’Ascensione, tema caro nella decorazione delle chiese dell’impero bizantino.