La Sicilia, posta al centro del Mediterraneo, interessava a molti. Tra il 415 e il 413 a.c., Atene cercò di riconquistarne il dominio e mosse guerra alle città doriche dell’isola. La storica spedizione non ebbe fortuna: nelle acque di Siracusa la flotta ateniese fu rovinosamente sconfitta. Nonostante che le città siciliote si fossero unite contro la spedizione di Atene, Agrigento si dichiarò neutrale. Questa posizione equidistante, però, non poteva essere mantenuta allorquando a tentarne la conquista fu Cartagine. I Cartaginesi, infatti, con una fulminea avanzata conquistarono Selinunte e Imera. Capitanato da Annibale e Imilcone, l’esercito invasore raggiunse velocemente Agrigento, che stavolta, rifiutò d’arrendersi o mantenersi neutrale. La città fu messa sotto assedio. I cartaginesi erano provvisti di macchine da guerra e torri mobili, tanto che per procurarsi pietre da lanciare, profanarono il cimitero sacro a sud della città, utilizzando, addirittura, le pietre della tomba di Terone. Durante l’assedio scoppiò una terribile pestilenza che uccise lo stesso Annibale.

Nel frattempo era stato organizzato un esercito siceliota: Siracu­sani, Camarinesi e Geloi, guidati da Daf­neo, accorse in aiuto degli Agrigentini. Sulle rive del fiume Imera, i due eserciti si affrontarono. I siciliani prevalsero, ma non approfittarono della momentanea superiorità. I cartaginesi ebbero, così, il tempo di riorganizzarsi e rimisero sotto assedio Agrigento. A questo si aggiunse  la distruzione della flotta siracusana che portava viveri e rifornimenti all'esercito e agli assediati. Non rimase che evacuare l’esercito e gli abitanti della città, dirigendosi verso Gela e successivamente a Leon­tini. Rimasero ad Agrigento vecchi e malati e poche persone che rifiutarono d’abbandonarla. I cartaginesi entrarono in città il mattino seguente. Saccheggiarono le case e i santuari, uccidendo coloro che vi si erano rifugiati. Pochi mesi dopo, riprendendo l'offensiva con­tro l’esercito siciliano, lmilcone fece radere al suolo la città. Era l'anno 406 a.C. La spedizione nemica non ebbe, tuttavia, il successo sperato: furono poi scon­fitti e ricacciati da Dionigi di Siracusa.

Agrigento rimase in rovina e disabitata per parecchi decenni, Solo nel 338 a.C, Agrigento e Gela furono ricostruite per volontà del corinzio Timoleonte, nuovo signore di Siracusa. Avendo questo sconfitto i Carta­ginesi presso il fiume Crimiso, assicurò un buon periodo di pace e prosperità. I nuovi colonizzatori di Agrigento erano governati da Megello e Feristo, che proveni­vano da Elea. Nel 317 a.C., divenne tiranno di Siracusa Agatocle, che decise di porre fine alla presenza sull’isola dei cartaginesi, riprendendo le ostilità contro questi. Agrigento, nella sfera d’influenza cartaginese, non rientrò attivamente nel conflitto.