Con l’affermarsi del Cristianesimo, il crollo dell’Impero Romano e l’arrivo dei bizantini, Agrigento conobbe un rapido declino. I templi vennero progressivamente abbandonati. Alcuni di loro furono modificati in chiese cristiane. Il Tempio della Concordia, ad esempio, verso la fine del VI secolo d.C., fu trasformato in chiesa dal vescovo Gregorio e dedicato ai Santi Pietro e Paolo. La zona dei templi fu sommersa progressivamente da cimiteri, la città abbandonata, fino a trasformarsi in un piccolo borgo arroccato sulla rupe, così come la trovarono, nell'anno 825, gli arabi. Questi chiamarono la Città Gergent, da cui Girgenti, denominazione che l'ha contraddistinta fino al secolo XX e precisamente fino al 1927.

I normanni la tennero a partire dal 1087 e sotto di essi Agrigento si trasformò in una diocesi particolarmente ricca. Preziosa testimonianza è quella del geografo arabo ldrisi che descrive la Città "tra le metropoli più illustri, animata da un continuo andirivieni di gente, robusta e alta la rocca, ridente la città che è di ben antica civiltà e di fama universale, Girgenti è una delle più imponenti fortezze e paese fra i più eccellenti; la gente vi accorre da ogni parte, qui si raccolgono le navi, qui convergono le brigate. I suoi palazzi superano in altezza quelli di altre città e sono una vera seduzione per chi li ammira ".

Nei secoli XIII e XIV i Chiaramonte si prodigarono per edificare una nuova e più possente cinta muraria e numerosi edifici conventuali e chiese.

La città segue le sorti della Sicilia. Sotto gli Aragonesi (1302) si stipula il trattato di Caltabellotta, centro poco distante. La Città vive un lungo periodo di oscurità sotto le varie dominazioni. I moti rivoluzionari del 1820 e del 1848 risvegliano le coscienze civiche. Dopo l'unità d'Italia, la principale via cittadina si chiamerà Roma.

Nel 1943 fu colpita dai bombardamenti e nel 1966 da una frana che causò distruzioni e pericolo per la preziosa Valle dei Templi.

L'impianto della Città vecchia rispecchia l’assetto attuato dagli Arabi, con viuzze strette e intricate e piazze piccole ed anguste. In questo tessuto emergono edifici civili e religiosi degni di notevole interesse. La Città nuova, sviluppatasi intorno al nucleo preesistente, è al contrario più ariosa e snella.