Fu fondata da coloni di Megara Hyblaea guidati dall' ecista Pammilos, nel VII secolo a.C. e prende il nome dal Selinon , il sedano selvatico. Le immigrazioni dei megaresi continuarono per diversi anni fino agli ultimi decenni del VII secolo a. C. Gli stessi coloni di Selinunte fondarono successivamente Eraclea Minoa.
Durante la guerra fra Greci di Sicilia e Cartaginesi stranamente si alleò con Cartagine. La guerra si concluse con la battaglia di Himera nel 480 a. C.
A causa dei contrasti con Segesta, fu distrutta dai suoi antichi alleati cartaginesi. Caduta sotto il dominio punico, venne ricostruita e ampliata dagli stessi. Il loro dominio, durò fino alla I guerra punica, quando per motivi di strategia militare i Cartaginesi trasferirono la popolazione di Selinunte a Lylibeo, distruggendone la città ed abbandonandola alla rovina. Terremoti successivi verificatesi nel corso del tempo ne aumentarono la devastazione.
Fu riscoperta dallo storico Tommaso Fazello nella seconda metà del XVI secolo.

Gli scavi archeologici
I primi scavi nella zona furono avviati da archeologi inglesi nel 1823.
Sono stati riportati alla luce da allora: l'Acropoli, il santuario di Demetra Malophoros, la necropoli e diversi templi sulla collina orientale.
Il parco archeologico di Selinunte, che si estende per 1740 km quadrati, è oggi considerato il più ampio ed imponente d’Europa. I reperti degli scavi sono conservati ed esposti nel Museo Nazionale Archeologico di Palermo. Solo l'Efebo di Selinunte è esposto al Museo Comunale di Castelvetrano.

L'Acropoli
Lungo due arterie principali (larghe 9 metri), che si incrociano fra di loro, si presenta "a reticolo", situata sulla collina fra il Modione (l'antico Selinon) e il Cottone, dove era il porto di Selinunte. Al suo interno sono situati i resti di cinque templi di ordine dorico. Intorno ad essa si sviluppano le antiche mura, interrotte da torri e porte alle estremità delle arterie principali (nord,est ed ovest).

Il santuario di Demetra Malophoros
Ad ovest dell'Acropoli , in contrada Gaggera sono situati i resti del santuario che si suppone dedicato al culto di Demetra. Il complesso architettonico della Malophoros è costituito in realtà da due aree sacre, ricche di costruzioni, templi, colonne e altari.

Le Necropoli
Nelle necropoli di Selinunte era uso seppellire in tombe scavate nel tufo, mentre nella necropoli di Manicalunga era in uso anche il rito della cremazione. Nella necropoli di Galera Bagliazzo è stata ritrovata la statua bronzea dell'Efebp di Selinunte.
Numerosissimi sono i reperti estratti nelle necropoli, come ceramiche di tipo protocorinzio e corinzio e ceramica attica a figure nere e rosse. Sono stati rinvenuti sarcofagi fittili e corredi funerari di grande varietà e ricchezza.