Come spesso capita ai piccoli centri abitativi siciliani, vengono ritrovati nel loro territorio resti di antichi insediamenti, che ne nobilitano la realtà storica, valorizzando la loro presenza per nulla casuale. E’ anche il caso del comune di San Fratello. Nel 1859, su uno dei versanti del Monte San Fratello, fu rinvenuta la cosiddetta Grotta di San Teodoro. In essa vennero alla luce fossili e strumenti antichissimi, risalenti all’epoca della pietra. Inizialmente la grotta era compresa nel territorio del paese. Il sito archeologico fa parte del comune, resosi autonomo nel 1969, di Acquedolci (ex frazione di San Fratello, appellata “la Marina”).

Percorrendo la storia a ritroso del comune, troviamo in età greca la città di Apollonia, posta sull’altopiano del Monte San Fratello, ad una quota di 710 metri sul livello del mare. Grazie alla visuale aperta da Capo d’Orlando fino alla zona di Cefalù, il suo posizionamento ne garantiva una buona difendibilità e sicurezza. Sempre sul Monte San Fratello, ma in epoca romana, veniva individuata la posizione dell’importante città di Alunzium. Questa fu distrutta dagli arabi durante l’invasione della Sicilia.Fu ricostruita solo in epoca normanna (nel XI secolo). Il nuovo abitato, come detto, prese il nome dei tre fratelli martiri, Alfio, Cirino e Filadelfo, uccisi nel 253 d.C, durante il governo dell’imperatore romano Valeriano. Alla loro memoria furono dedicati l'omonima chiesa ed il convento annesso, costruiti nel XII secolo.

I normanni, giunti in Sicilia con il conte Ruggero e la moglie Adelaide del Vasto, diffusero nuovi insediamenti e fortificazioni. A San Fratello nacque una cittadella fortificata. A sua difesa fu posto un contingente di soldati di ventura, d’origine longobarda, provenienti dall’Italia settentrionale e dalla Francia (tra essi piemontesi, lombardi, liguri ed emiliani). Il nuovo borgo fu da essi edificato tra l'XI e il XIII secolo. Esempio ancora visibile della loro architettura è il tempio che sorge sul Monte Vecchio a San Fratello.

Dal 1276, il feudo baronale di San Fratello, con Guillot d’Alisy, iniziò a passare di mano tra famiglie nobiliari, prima francesi (il provenzale Raymond de Puy-Richard), aragonesi (degli Alagona) e poi catalane (dei Larcan). Diverse furono le famiglie locali, quali del conte di Palagonia e, infine, dei Cupani.

Purtroppo il dissesto idrogeologico dell’area di San Fratello fa parte, ormai, della storia stessa del paese. Si inizia con il 1754, quando una frana distrusse l’intero abitato. Successivamente, nel 1922, altre due frane colpirono San Fratello. L’ultima finì, indirettamente, per dare vita al nuovo paese di  Acquedolci. Ma ovviamente impressa nella memoria, è la recente frana del 14 febbraio del 2010 (la cosiddetta frana di San Valentino), che ha interessato il quartiere detto "Stazzone" e la contrada "Riana". A causa del dissesto, molte famiglie di San Fratello hanno dovuto abbandonare le proprie abitazioni.