Il porto e la città di Trapani raggiunsero, nel XVI secolo, una tale importanza geopolitica che lo stesso Carlo V la definì "Chiave del Regno". Il 20 agosto 1535, il re spagnolo sbarcò a Trapani, accolto in festa, dopo la sua vittoria contro la flotta turca. Carlo V riconfermò tutti i privilegi di Trapani, incluso quello del Senato di laureare in diverse materie, quali: teologia, matematica, medicina, fisica, giurisprudenza e belle arti.

Nel secolo successivo il XVII, epidemie (nel 1624) e rivolte causate da carestie (nel 1647 e nel 1670-1673) colpirono la città stremandola. Tuttavia nel XVIII secolo, Trapani si riprese, passando dai 16.000 ai 25.000 abitanti.
E’, infatti, nel 1738 che ha inizio la dominazione borbonica che porterà al Regno delle due Sicilie. La città si espande, grazie alla politica urbanistica del nuovo regime. Vengono bonificate aree della città. I trapanesi svolgono attività commerciali, la pesca con le tonnare e la produzione del sale.
Eppure, nonostante il benessere acquisito, gli ideali dell’unificazione portarono la popolazione ad insorgere nei moti del 1848-49, che furono poi repressi dal governo borbonico. Fu scelto come luogo di sbarco dei garibaldini. Tuttavia al momento di prendere terra, Garibaldi optò per il porto della vicina Marsala, meno controllato e protetto di quello trapanese. Moltissimi furono i patrioti della città che si aggregarono ai mille garibaldini. I trapanesi furono essenziali per l’avvio dell’avventura garibaldina, con i primi scontri con l’esercito borbonico e per la presa di Palermo.
Il 17 marzo del 1861 nasceva il Regno d'Italia.