Al centro del corridoio si apre la basilica (58), cui si accede tramite quattro gradini ed un ingresso a due colonne. La basilica misura in lunghezza quasi 30 m, ed è chiusa da un abside.

Ai lati della basilica si trovano i due appartamenti principali della villa: quello a nord, più piccolo, comprende un’anticamera (37), un triclinium absidato (38) ed un cubiculum con alcova (39), destinati alla domina. Tutti gli ambienti sono decorati da mosaici, il più notevole è quello con Poliremo che si trova nell’anticamera (37).

L’appartamento a sud, riservato al dominus, è organizzato attorno ad un porticato semicircolare (40), su cui si aprono una diatea absidata (41), con un grande mosaico che rappresenta il mito di Arione, due anticamere con mosaici raffiguranti una scena di lotta tra Eros e Pan (42) e una scena di circo in miniatura (44), un cubiculum con alcova (43), con scene di lotta tra bambini ed animali domestici, e infine una sala absidata (45) di destinazione incerta, con pavimentazione musiva rappresentante gare musicali e teatrali di bambini. Un’altra sala absidata (35), diatea di Orfeo, assai simile alla 41, probabilmente destinata all’ascolto della musica ma aperta anche al pubblico, è posta sul lato est del peristilio. Accanto ad essa, due stanze di servizio (33 e 34) dell’appartamento padronale, delle quali una (34) presenta il famoso mosaico delle ragazze in “bikini”.

Attraverso due vani di passaggio si raggiunge, dal quartiere privato (55) e da quello pubblico(53), il peristilio ovoidale (46) e l’aula trichora (57), situati sull’area posta alla quota più alta di tutta la villa.

Il peristilio ovoidale a pilastri abbellito da fontane termina nel lato ovest con un grande ninfeo a nicchie. I mosaici del pavimento raffigurano girali di acanto ed animali selvatici.

A nord ed a sud del portico vi sono due complessi di tre ambienti ciascuno. Il complesso nord (47, 48,49) e quello sud (50,51,52), forse destinati agli ospiti, sono decorati con mosaici rappresentanti scene di vendemmia (47, 48, 49), e di pesca (50, 51, 52).