Come il museo Gemmellaro, anche il Museo di Mineralogia fa capo all’Università degli Studi di Palermo, per la precisione al Dipartimento di Chimica e Fisica della Terra e del Mare ed Applicazioni alle Georisorse e ai Rischi Naturali.
Il patrimonio ottocentesco dell'allora Istituto di Mineralogia agli inizi del Novecento, venne organizzato come unità amministrativa autonoma.
L’Istituto di Geologia dell'Università di Palermo, verso la metà del XIX secolo (1857), ottenne in donazione la collezione di Cesare Airoldi, che, anche se non dal taglio scientifico, ne rappresenta, a tutt’oggi, la base del materiale esposto. Essa comprendeva centinaia di oggetti, dal valore geologico e paleontologico.
A questa collezione si sono aggiunti, nel tempo, reperti frutto del lavoro di studiosi, in ambito universitario e non. Oggi il museo contiene migliaia di campioni di minerali provenienti da tutto il mondo.

Come per il museo Gemmellaro di Palermo, ai minerali si assommano fossili e resti, per lo più, del Miocene e collegati alla serie gessoso-solfifera siciliana. Tra questi ultimi, sono esposti dei bellissimi cristalli di zolfo, provenienti dalle cave siciliane ottocentesche, ma anche cristalli di gesso trasparente, di grandi dimensioni, tendenti addirittura al metro. Come in un museo di diamanti, il museo mineralogico espone cristalli colorati dalle forme particolari. Tra questi, ad esempio, si possono ammirare cristalli di celestina e barite, ma anche grossi cristalli di salgemma dal colore violetto. Di buon rilievo la presenza della cosiddetta ambra del Simeto un minerale dal colore rosso scuro.

In tutti questi anni il museo di Mineralogia ha mantenuto relazioni e scambi con altri musei del settore. Così oggi sono messi in mostra una serie di solfuri metallici dai bagliori lucenti, o fossili di legno silicizzato, estratti da lontane foreste fossili del mondo intero.
In particolare, spiccano nella collezione frammenti di meteoriti condritiche, molto rari in Sicilia.
A completamento del museo, per chiarire il mondo della mineralogia, spiccano diversi modelli sulla struttura atomica  di numerosi minerali.