Il Duomo Nuovo, dedicato a Santo Stefano Protomartire, è di fattura moderna, essendo stato edificato nel 1937 e aperto al culto nel 1951. Il progetto è dell'architetto Francesco Valenti e presenta nella chiesa tre navate.
Milazzo è ricca di chiese di interesse rilevante, sia nel borgo antico, sia distribuite nel centro urbano, sia nella zona marinara di Vaccarella.

Solo nel borgo antico vi sono: la Chiesa di San Rocco (1575), la Chiesa dell'Immacolata Concezione (1640), la Chiesa di San Salvatore (1616), la Chiesa di San Giuseppe (1565), e la Chiesa della Madonna del Rosario, costruita nel Cinquecento, già sede del Tribunale dell'Inquisizione (fino al 1782). La passeggiata nel borgo si conclude con il Santuario di San Francesco di Paola (eretto tra il 1464 e il 1467), unico santuario dedicato al Santo in Sicilia. Sembra che il santo stesso, soggiornando a Milazzo, abbia dato le disposizioni necessarie alla sua edificazione.

Trovano posto nel tessuto urbano la Chiesa di San Giacomo (1434), la Chiesa del Carmine (1574-1577) e, nell'attuale "Quartiere Bizantino", la piccola Chiesetta di Santa Caterina d'Alessandria, costruita proprio in periodo bizantino. Sul litorale di Ponente trovasi la Chiesa di San Papino martire. Si narra che nel 580, dall’Armenia siano arrivate delle reliquie del Santo a Milazzo e in tale chiesa custodite.

Dirigendosi verso Capo Milazzo, si incontrano le chiese della SS. Trinità e dell'Addolorata (1810-1813). Raggiunto il Capo, si trova il Santuario di Sant'Antonio. L’aspetto esterno assomiglia più ad un rifugio nella roccia che ad una Chiesa, ma la leggenda vuole che il Santo vi abbia trovato rifugio dopo un disastroso naufragio, avvenuto intorno al gennaio del 1221. Fu trasformato in una piccola chiesa nel 1232 e ulteriormente modificata nel 1575 nella versione attuale.