Le Vare della processione del Giovedì Santo, dette anche Misteri, sono gruppi statuari, che rappresentano momenti della Passione e della Via Crucis di Gesù. Furono realizzate tra il 1883 e il 1902 dallo scultore napoletano Francesco Biangardi e da suo figlio Vincenzo. La tecnica utilizzata è mista: legno, cartapesta, gesso e tela olona. Inizialmente venivano portate a spalla da fedeli, ma, per l’alto numero di portatori necessario, nei primi anni sessanta, le Vare sono state dotate di carretti con ruote.
Nella mattina del Giovedì le Vare si distribuiscono in diverse vie (in genere, dove hanno casa i rispettivi proprietari). Mentre si raccolgono, nel primo pomeriggio, le persone, le bande musicali suonano musiche festanti. Al calare della sera, però, il tono cambia e la musica si trasforma in funebre. Vengono intonati canti della Passione di Gesù. I vari gruppi si dirigono verso Piazza Garibaldi, dove si raccoglieranno tutte le Vare. Queste si posizionano in cerchio attorno alla fontana del Tritone. Alle 21 ha inizio la processione. In testa la Vara dell’Ultima Cena e via via tutte le altre. Il corteo affollatissimo percorre le maggiori strade del Centro storico, toccando le principali chiese in esso inserite: la Cattedrale, San Sebastiano, Sant'Agata al Collegio, Santa Croce e Santa Maria della Provvidenza.
Fra strade e viuzze, anche in forte pendenza, ha inizio la processione, che realizza non un giro, ma tre (si finisce quasi sempre di notte), tanto che è prevista un’ora di sosta per il riposo ed un pasto per i portatori. Dopo i tre giri, si ritorna in Piazza Garibaldi. Dopo un giro della piazza, le Vare si raccolgono intorno alla fontana. Hanno luogo giochi pirotecnici. Al termine le Vare in fila si avviano verso il loro deposito nella chiesa San Pio X. Una volta ognuna tornava alla casa del proprietario, realizzando la tradizione, ora pressoché scomparsa, della "Spartenza" (in siciliano significa, appunto, separare).

Nella sera del Venerdì santo viene portato in processione il cosiddetto Cristo Nero, che è un crocefisso realizzato in legno di ebano. Era chiamato, e lo è tuttora, il Signore della Città, in quanto fino al 1625 era il patrono protettore della città, che, successivamente, divenne l’Arcangelo San Michele. Secondo la leggenda il crocefisso sarebbe nero dalle tante candele accese ai suoi piedi da devoti nisseni. Sempre nella leggenda sarebbe stato ritrovato fortunosamente in una grotta da un raccoglitore di verdure selvatiche.

Al calare della sera la statua del Cristo esce dal pesante portone della chiesa del Signore della Città. Fuori ad aspettarlo c’è la Real Maestranza al completo, con le alabarde cinte da nastri neri e le bandiere abbrunate. Ma c’è di più: sono presenti i Fogliamari, con le loro Lamentanze, cioè canti di dolore. Essi portano a spalla il Crocefisso sormontato da un pesante baldacchino dorato. Sono a piedi nudi, come spesso molti fedeli che li seguono. La processione si svolge in gran parte nel quartiere di San Francesco, uno dei più antichi della città.

Dagli anni settanta, la domenica di Pasqua si tiene la processione di festa. La Real Maestranza ed il suo Capitano, alle ore 9, verso l’arcivescovado. Essi indossano, stavolta, guanti, cravatte e calze bianche in segno di festa. Vengono accompagnati nel tragitto dalla banda che suona musiche allegre e festanti. Una volta giunti vengono passati in rassegna dal vescovo. Il corteo successivamente si dirige verso la Chiesa Madre, dove la folla in piazza, a mezzogiorno, viene benedetta dal vescovo. Segue la messa del giorno di Pasqua. Alla fine del rito, il Capitano riconsegna al sindaco le chiavi della città.