Se il promontorio di Milazzo si presenta con un ambiente affascinante e incontaminato, ciò che nasconde il mare lo è di più. A garantirlo è la presenza della posidonia, una pianta acquatica, che sopravvive solo in acque pure e limpide. Infatti, se il livello qualitativo del mare non è perfetto, tende a scomparire. Invece dal quartiere di Vaccarella a levante, le praterie di posidonia accompagnano la costa del Capo fino alla spiaggia del Tono, a ponente. Naturalmente nei punti in cui è presente un fondale roccioso, non potendovi attecchire, la pianta non sopravvive. La posidonia, quindi, ha grande importanza nell'equilibrio dell'ecosistema marino.
Il posidonieto, naturalmente, non è fine a se stesso. Il suo ecosistema permette la vita di piccole specie come il cavalluccio marino, il pesce ago o le menole e i tordi che in esso si riproducono, deponendovi le uova.
Questo habitat marino di rocce miste a sabbia e posidonie, che parte dal quartiere di Vaccarella (il quartiere dei pescatori), fatta eccezione per la zona antistante Punta Rugno, si estende fino alla Secca di Levante, cioè Punta Mazza. A Punta Rugno il fondale diventa roccioso e scende velocemente quasi in una fossa, mentre a Punta Mazza esso, che normalmente è al di sotto 30 metri dal livello del mare, risale fino a quindici metri dalla superficie.
A Punta Rugno il golfo di Milazzo, molto vicino la costa, supera i cento metri di profondità. Tant’è che nella fossa si sono tenuti, nel 1991, i Campionati Mondiali di immersioni con tentativi ad assetto costante e variabile senza e con zavorra.
A Punta Mazza, invece, il basso fondale e le notevoli correnti permettono un ecosistema con organismi, come le gorgonie o le spigne, che crescono sulle rocce, molto frequentato da una moltitudine di pesce azzurro. A sua volta la presenza di quest’ultimo richiama predatori come tonni, ricciole, dentici, lucci di mare che si nutrono proprio di esso. La stessa situazione si ritrova a largo di Punta Milazzese, la cosiddetta Secca di Ponente. Qui la profondità del fondale raggiunge appena gli 8 metri.

Superando l’insenatura di Rinella, ecco le rocce a strapiombo del Faro. Tra i massi, staccatisi dalla parete, un nuovo ecosistema si presenta: lo abitano pesci tipici di scoglio, come saraghi, corvine e piccole cernie.

Doppiata Punta Messinese, all'estremità di Capo Milazzo, il fondale lo caratterizzato da roccia uniforme fino a profondità anche notevoli. Forti correnti lo arricchiscono di nutrimenti in grandi quantità. 1L’habitat marino è, quindi, rigoglioso. Le rocce sono ricoperte da miriadi di organismi di ogni tipo. Le più colorate sono le gorgonie rosse, che assumono anche grandi dimensioni. I pesci sono sempre quelli dell'ambiente roccioso, già citati, con l’aggiunta degli immancabili predatori, a conclusione della catena alimentare.

Passate le correnti vorticose, raggiungiamo (sempre sotto il livello dell’acqua) la Baia di S. Antonio. Qui ritroviamo una grande prateria di posidonie, che ricopre tutta la baia, la cui profondità, tuttavia, non supera i 30 metri dalla superfice del mare. Questo tipo di fondale segue il versante ovest della penisola. La parete rocciosa cade a strapiombo dalla Punta dell’Impiccato fino agli ultimi scogli della Punta del Tono. Di fronte Monte Trino la roccia è forata da grandi grotte, che aggiungono sapore in più alla già grande bellezza. Fino a poco tempo fa, l’area era piena di grosse cernie.

Tutto questo è un universo sommerso che non appare se non si è sub. Per chi lo è il privilegio non è da poco. Non stupisce, quindi, che si stia tentando di proteggere questo spettacolo con la costituzione di una Riserva Marina del Promontorio di Capo Milazzo.