La Riserva naturale marina protetta dell’Isola di Ustica, istituita a novembre del 1986, è stata la prima area marina protetta in Italia. Ha una dimensione di 15.951 ha complessivi. E’ stata suddivisa in tre zone.

La zona A, antistante Cala Sidoti, è una riserva integrale, segnalata da cinque boe gialle luminose. In essa, oltre ad essere vietata la pesca, è anche proibita la navigazione, l'ormeggio e la sosta di qualsiasi tipo di natante. Chiaramente è anche vietata ogni azione che possa danneggiare o alterare l’equilibrio naturale dell’area. Sono consentite solo le balneazioni e il nuotare in superficie utilizzando il boccaglio o l’aeratore.

La parte che va da Punta Cavazzi a Punta Omo Morto, a nord-ovest di Ustica, è considerata zona B, cioè di riserva generale. E’ vietata in quest’area la pesca subacquea e il danneggiamento o prelievo di forme di vita vegetale o animale in essa contenute. Per il resto è permessa la navigazione o la sosta, la pesca sportiva con lenza da fermo e da traino e la semplice immersione subacquea.

Nella zona C o riserva parzial, nella parte sud orientale dell’isola, vi è la libertà di navigazione e attracco e pesca. La pesca professionistica, però, è autorizzata solo agli abitanti di Ustica, muniti di permesso.

L’ambiente marino della Riserva, tra flora e fauna somiglia a quelli tropicali, facendone una meta ambita per gli appassionati di immersione subaquea. Sui fondali si trovano coralli, rose di mare e una variopinta vegetazione.
La fauna della riserva è ricca di pesci di qualunque tipo. Tra essi citiamo come esempio: la cernia bruna e la cernia di fondale,  tonni e alalunghe, ricciole, aguglie, triglie di scoglio, dentici, barracuda, orate, salpe, occhiat, oltre a calamari e totani, nonché sui fondali aragoste, astici ed il falso corallo nero.