Dopo la morte di Tancredi (1194) si aprì un periodo di aspre lotte intestine legate alla reggenza. Enrico VI, marito di Costanza d'Altavilla, perseguitò chi aveva operato a favore di Tancredi ed evirò ed accecò Guglielmo, il figlio di Costanza, per impedirgli ogni tipo di successione e, se ciò non bastasse, lo imprigionò. Con la sua morte (1197) e la salita al trono di Federico II di Svevia (1198), iniziò un periodo meno turbolento. Tuttavia quest’epoca storica per la Sicilia rappresentò un’età di crisi economica e produttiva. Alle nuove tasse si aggiunse   la persecuzione dei siciliani musulmani, cosa che non era mai avvenuta nel periodo molto più tollerante dei Normanni. Così, molti, si videro costretti all’esilio. Una buona fetta della popolazione emigrò, togliendo forza mlavoro ai settori, agricoli ed artigianale. Con la crisi produttiva diminuirono di conseguenza i commerci e le esportazioni. Mazara del Vallo con il suo porto ne subì le ripercussioni. Fu sopravanzato dal porto di Trapani.

Alla crisi economica si aggiunse, inoltre, il pericolo delle terre prospicenti al Canale di Sicilia e il pericolo per le rotte commerciali che lo percorrevano: si registrò, infatti, un notevole incremento della pirateria saracena. Il governo svevo cercò di intervenire con la flotta, ma le risorse erano così scarse che si rivelò un intervento più che altro episodico. Il castello di Mazara, in parziale rovina, necessitava di ristrutturazioni, che però non furono mai eseguite.

Federico II morì nel 1250 e nel gennaio 1266 gli subentrò Carlo I d'Angiò, francese, a cui il papato aveva offerto la corona, che assunse il titolo di re di Sicilia. Il difficile rapporto tra gli angioini e i siciliani è noto. Mazara del Vallo, ad esempio, si vide costretta a fornire marinai alla flotta francese. Molti si diedero alla latitanza. Quando nel 1282 scoppiò la rivolta detta “del Vespro” la cittadinanza aderì favorevolmente.
Tra i mazaresi vi era Ugone Talach, d’origini normanne. Egli suggerì ai palermitani di chiedere aiuto alla corona aragonese. Il 4 settembre 1282, infatti, Pietro III d'Aragona entrò a Palermo .