Durante il XVI ed il XVII secolo, se da un lato Alcamo ebbe il fiorire di attività culturali, l’apertura di scuole rette da dotti insegnanti e la costruzione di un teatro nel 1667 da parte di Mariano Ballo (l’attuale teatro Cielo d'Alcamo), dall’altra la città venne decimata dalla peste. La grande quantità di cadaveri veniva sepolta nel cimitero di S. Ippolito. E’ proprio in questo periodo martoriato che si ebbe l'apparizione della Madonna (ad alcune popolane) e il rinvenimento di una sua immagine, venerata successivamente  col nome di Maria Santissima dei Miracoli (1547). Sempre nel XVII secolo fu eretta la Matrice, sui ruderi di un antico luogo di culto del XIV secolo (rimangono visibili il portale e il notevole campanile), e numerose chiese vennero o ricostruite o ristrutturate. La Chiesa Madre, intitolata all'Assunta, perla del comune di Alcamo, fu progettata dagli architetti Angelo Italia e Giuseppe Diamante. Il suo interno fu affrescato, nel 1699, con 38 splendide composizioni del pittore fiammingo Guglielmo Borremans, nella porzione absidale e nella cupola. Sono presenti anche il Transito della Vergine ed il Crocifisso attribuiti al Gagini. Se verso la fine del XVIII secolo e gli inizi del XIX la città venne ripopolandosi, nel 1829, fu decimata stavolta dal colera.
Nella prima parte dell’Ottocento la città divenne demanio regio ed alcuni suoi rappresentanti divennero membri del parlamento siciliano. Anche ad Alcamo, come in tutta la Sicilia, avvennero rivolte e distruzioni contro il governo borbonico (Il 1812, il 1820 e il 1848), fino a quando, nel 1860, non si ebbe lo sbarco dei garibaldini e la successiva Unità d’Italia. All’arrivo di Garibaldi, Stefano e Giuseppe Triolo, il 6 aprile 1860,  organizzò delle squadre di volontari che, unitesi ai Mille, combatterono nella battaglia di Calatafimi.
Nel 1843, va ricordata l’edificazione del palazzo comunale, su un’area appartenente al barone Felice Pastore, già membro del parlamento siciliano.
Durante il periodo fascista venne avanzata la richiesta di elezione di Alcamo a capoluogo di provincia, ma l’istanza venne bocciata. Durante la Seconda Guerra Mondiale gli Americani entrarono ad Alcamo, il 21 luglio 1943, senza incontrare resistenza. La prostrazione per fame della collettività alcamese portò alla sollevazione del 18 dicembre 1944.

Oltre alla Chiesa Madre, molte sono le chiese rilevanti sotto il profilo artistico. Abbiamo:

la seicentesca San Francesco, in cui si trovano altre opere di Domenico Gagini, come un'ancóna in marmo e 2 sculture, attribuite ad Antonello Gagini, raffiguranti la Maddalena e San Marco;
La Badia Grande, conosciuta anche come San Francesco di Paola, che è una chiesa d’epoca barocca al cui interno sono conservate una pittura di Pietro Novelli pittore monrealese della prima metà del XVII secolo, e delle figurazioni allegoriche di Giacomo Serpotta;
la Badia Nuova, abbellita con rilevanti statue del Serpotta;
la chiesa di S.Tommaso, del XV secolo, decorata da un grande portale a disegni geometrici;
La Chiesa di San Oliva, del XVIII secolo, custodisce sull’altare maggiore una pittura del Novelli  varie opere dei Gagini;
la Chiesa dei Santissimi Paolo e Bartolomeo, in stile barocco, che contiene una preziosa Madonna del Miele.