Negli ultimi anni si sta portando avanti lo scavo archeologico della città di Marsala. L’obiettivo è quello della creazione a breve di un parco archeologico. Attualmente le aree di scavo sono tre: quella di San Giovanni al Boeo e dell'Insula A, quella dell’Insula B e quella di Porta Nuova, dove si trova la Villa Romana. Da poco lo scavo si è ampliato fino all'area del Boeo-Nord, adiacente al Museo del Baglio Anselmi. Tra gli ultimi ritrovamenti sono stati rinvenuti, vicino alla Villa Romana, una statua della dea Iside e una lapide, riutilizzata come materiale edilizio, con delle incisioni molto interessanti. Secondo gli archeologi si è vicini al ritrovamento di un Tempio di Ercole, probabilmente situato nell'Insula B. Tra i ritrovamenti non ancora visitabili, se non per prenotazione, va citato l'ipogeo di "Crispia Salvia", una camera sotterranea riservata dal marito alla moglie "Crispia Salvia" (da cui il nome) risalente al II secolo d.C. Di questa, sorprendono le pareti, totalmente dipinte con diverse scene in una vivida policromia (una flautista con danzatori, un banchetto funebre, cesti colmi di fiori e frutta ed altro).

In un piccolo ambiente, adiacente alla Chiesa Madre di Marsala, si può ammirare la rara collezione di otto arazzi fiamminghi, risalenti al tardo Cinquecento. La raccolta era di proprietà di monsignor Antonino Lombardo, marsalese già vescovo di Messina, che, nel 1589, la donò alla chiesa. Gli otto arazzi variano come grandezza tra i cm. 350x254 e i cm. 350x500. Furono tessuti su un telaio verticale (detto “alto liccio”), intrecciando fili di lana e di seta colorati e accostati con gran gusto.
Come grandi quadri essi narrano storie ispirate dal testo del De Bello Judaico dello scrittore ebreo Giuseppe Flavio, protagonista e cronachista della conquista di Gerusalemme, effettuata dagli imperatori romani Vespasiano e di suo figlio Tito nel 66-68 d. C.. Gli otto arazzi rappresentano altrettante vicende legate ai due romani, come nel Museo di Capodimonte a Napoli è esposto l’arazzo raffigurante la famosa Battaglia di Pavia del fiammingo B. Van Orley.

Su via Salemi è situato il Baglio Biesina, un caseggiato storico, attorniato dal giardino siciliano con molte palme. Al suo interno è ospitato il Museo dell'Agricoltura. Esso raccoglie gli arnesi da lavoro e gli utensili dei contadini di Marsala, alcuni risalenti all’inizio del XIX secolo.

Con la nuova attività archeologica e di restauro degli edifici antichi, Marsala ha recuperato recentemente alcuni simboli della sua storia e la sua storia stessa. Nel complesso monumentale San Pietro, ad esempio, restaurato, è collocato il Museo garibaldino. Al suo interno, oltre preziosi reperti garibaldini, anche un centro culturale polivalente. Nel Convento del Carmine, invece, si trova la Pinacoteca comunale.