Nel Museo Archeologico Regionale del Baglio Anselmi, sito sul promontorio di Capo Boeo, il  maggiore dei musei di Marsala, per importanza e per numero di reperti, è, come abbiamo detto, ospitata la rarissima nave fenicia, affondata nel mare di fronte a Lilibeo, unica al mondo per genere archeologico. Protetta dalle alghe della Riserva naturale delle Isole dello Stagnone, con un effetto simile al sottovuoto, è giunta sino a noi in straordinarie condizioni, tanto che sono stati conservati perfino i chiodi impiegati per la sua costruzione. Nell’antichità il metodo produttivo impiegato per le navi dai Cartaginesi era famoso e ammirato da tutti, perfino da romani come gli storici Plinio e Polibio. Esso era in sostanza uno dei primi sistemi di prefabbricazione in cantiere. Ogni elemento era siglato da un simbolo dell'alfabeto fenicio-punico inciso sul pezzo. Agli operai del cantiere non rimaneva che assemblare nel giusto modo le diverse parti. Questo permetteva ai Cartaginesi una enorme facilità costruttiva e un aumento notevole della produzione navale. All’interno della nave fenicia sono state ritrovate, inoltre, delle anfore, equipaggiamenti (ad esempio, lance), ossi di olive, delle foglie vegetali, una corda e un ceppo di legno, utile per alimentare un fuoco per la cottura di cibi.
Aldilà di essa, si possono, anche, ammirare nel Museo una grande quantità di reperti scoperti nel territorio cittadino, soprattutto, oggetti e documentazioni provenienti da diverse case romane d’età imperiale, venute alla luce recentemente, ma anche importanti reperti preistorici.
Da rilevare la presenza nel museo della statua di marmo, scolpita in un unico blocco, raffigurante Venere Callipigia ("dai bei glutei"), di provenienza probabilmente greca. Riportata alla luce il 14 gennaio 2005, la statua è senza testa e manchevole della metà del braccio destro e di più della metà del braccio sinistro. Ha perduto, inoltre, metà circa della gamba destra e una parte della gamba sinistra. Essa venne realizzata mentre si copriva pudicamente il seno con una mano, e reggeva l’himation con l’altra. La statua, raffigurante Afrodite, era il simbolo mitologico dell’energia vitale della fecondità e della procreazione.