I reperti ritrovati nel grande sito archeologico di Morgantina vengono esposti nel Museo della vicina Aidone, comune della provincia di Enna. Il Museo è stato inaugurato recentemente nel 1984, ed ospita tutti i resti venuti alla luce dagli scabi archeologici della polis di Morgantina (gli scavi sono iniziati nel 1955). I pezzi sono ordinati tematicamente e cronologicamente.

Il Museo è collocato nel convento dei Cappuccini, presso l'omonima chiesa. Il materiale esposto risale a più periodi storici e a più popolazioni e culture, che si sono avvicendate nell’area degli scavi. Si inizia, quindi, dalla preistoria e dalla protostoria, i cui ritrovamenti confermano l’influenza della cultura di Castelluccio, come ceramiche con decorazione di semplici linee incise, e prodotte senza l'uso del tornio. Segue il periodo siculo, degli inizi dell’età del ferro, con ceramiche realizzate con un impasto rosso e marrone, tipiche della contemporanea cultura di Ausonio di Lipari. Quindi, si passa nella fase che parte dal IX secolo a.C. fino ad arrivare alla metà del V secolo a.C.  Il periodo è caratterizzato da influenze proprie dei siculi e dei greci, che allora coesistevano pacificamente. Di questo periodo fa parte il grande cratere di Eutimide, decorato con scene sia di simposio che dell’amazzonomachia. Esso, probabilmente, veniva utilizzato durante le cerimonie pubbliche.

Indi, si giunge al periodo di massimo splendore di Morgantina,  cioè all’epoca classica ed ellenistica, che si concluderà con la conquista romana della città (211 a.C.). I numerosissimi reperti tornati alla luce provengono prevalentemente dalle necropoli e dal principale santuario di Demetra e Persefone. A quest’ ultima appartengono diversi busti, mentre alcuni studiosi attribuiscono a Demetra la famosa Dea (o Venere) di Morgantina, ritrovata, nel 1955, proprio nel santuario centrale a loro dedicato. Altri studiosi, invece, riferiscono la Venere al culti di Persefone (o Kore).

La statua, realizzata in pietra calcarea, possiede un bellissimo panneggio scolpito a tutto tondo. E’ la famosa Venere contesa con il Paul Getty Museum californiano.
Ultimamente, sono stati esposti diversi reperti provenienti dalle Terme Nord in contrada Agnese, la cui costruzione è attribuita al siracusano Archimede.
Nell’area dell'ex sacrestia del convento di Aidone, sono collocati numerosissimi oggetti d’uso comune a Morgantina, che ben illustrano la normale vita quotidiana nella città ellenistica. Tra questi: stoviglie per cucinare, giocattoli, oggetti femminili e attrezzi per la coltivazione dei campi.