L’abitato di Morgantina si sviluppava ad est dell'agorà, in un primo quartiere. Qui, in cima alla collina, con panorama sull’agorà, era posta la “Casa del Capitello dorico”, detta anche “Casa del Saluto”, per un’iscrizione di benvenuto al suo interno nell’ingresso. La residenza si sviluppava intorno ad un peristilio centrale, che dava luce ai vani e dove si raccoglievano le acque piovane, da esso convogliate a dure grandi cisterne. Le colonne del peristilio sono realizzate in mattoni, che venivano cotti in forma anulare. La tecnica permetteva un costo più basso e l’uso di un materiale sicuramente locale. Anche la pavimentazione permetteva l’uso di tecniche alternative, essendo realizzata in cocciopesto (quindi in terracotta) che veniva impreziosito da tessere di pietra bianca, che venivano posizionate  in grandi disegni geometrici.

Ugualmente con peristilio centrale e rettangolare, era la vicina Casa detta “di Ganimede”. La Casa risale all'epoca geroniana, ma era di valore maggiore della prima: le sue colonne, infatti, portano similmente capitelli di stile dorico, ma sono scanalate, mentre la pavimentazione è rifinita con mosaici.
Due ambienti della Casa si sono mantenuti molto bene, oltre che ricostruiti parzialmente dagli archeologi. Le pareti dei due vani sono dipinte in rosso, anch’esse con pavimento musivo. Quest’ultimo, è tra i più antichi del periodo ellenistico, risalendo i mosaici al III secolo a.C. La prima sala è decorata con il disegno raffigurante il ratto di Ganimede. La seconda riporta un intreccio prospettico, con  un riquadro che raffigura un nastro, ornato da foglie d'edera, probabilmente simboleggiante una vittoria conseguita in una gara sportiva, oppure letteraria. La Casa fu abitata anche in periodo romano, ma suddivisa in due parti da un muro, che tagliava a metà il peristilio.

Sulla collina della Cittadella
Distaccata dal pianoro, sorge la collina detta della Cittadella. Su di essa sorgeva l’antico nucleo di Morgantina, che fu distrutto da Ducezio. Diversi edifici sono stati riportati alla luce sui terrazzamenti posti a nord e ad ovest. Secondo la classica disposizione, sulla sommità della collina sorgeva un edificio sacro planimetricamente molto allungato. Questo è stato datato intorno alla seconda metà del VI secolo a.C.
Si individuano i segni anche delle antiche mura di fortificazione, che proteggevano Morgantina, poi distrutte. Sul fianco più scosceso, inoltre, sono state individuate tracce di una piccola necropoli, formata da diverse tombe a camera, scavate direttamente nella roccia della collina.