Piazza Archimede con la Fontana di Diana a Siracusa. 

Nei primordi del Cristianesimo, essa fu visitata dall�apostolo S. Paolo che vi rimase tre giorni. Nel 277 fu saccheggiata da una banda di avventurieri Franchi; nel 493 se ne impadronirono i Goti, che vi tennero un governatore col nome di conte di Siracusa; nel 535 i Bizantini condotti da Belisario scacciarono i Goti, conquistarono l'isola in poche settimane e ne occuparono la capitale, Siracusa. I Saraceni vi fecero una prima incursione nel 669 e la saccheggiarono; vi si recarono poi una seconda volta nell' 827 e cinsero d�assedio la città, accampandosi nelle famose latomie; ma una squadra bizantina li costrinse a sloggiare e ad allontanarsi; ritornarono poi nell' 878 e dopo un assedio di 10 mesi, sostenuto dai Siracusani con eroismo, invasero la città, ne fecero un mucchio di rovine, uccisero e depredarono, resero schiavi i superstiti. Da quel tempo Siracusa perdette il primato sulle città siciliane, e Panormo ne prese il posto e la dignità di capitale dell'isola.
Nel 1038 i Bizantini, condotti dal generale Maniace, riconquistarono la città, ma ben presto, nel 1045, dovettero riconsegnarla ai Saraceni. Questi occuparono a poco a poco tutta quanta l'isola. Quando poi, venuti a discordia il "Kaid" di Castrogiovanni Ibn-Hawwasci coi cognato Mohammed-ibn-Ibraim-ibn-Thimma, questi essendo stato sconfitto in una battaglia campale e avendo perduto il suo esercito, si rifugiò in Calabria, dove si rivolse a Ruggiero il normanno e lo invitò a conquistare la Sicilia. Ruggiero, dopo diverse scorrerie nell'isola durate alcuni anni, nel 1086 condusse una flotta nel porto grande di Siracusa, e, quivi scontratosi col saraceno Ben Avet, lottò corpo a corpo con lui, 1'uccise, e si avanzò vittorioso sgominando i nemici. Ruggiero, entrato in Siracusa, ne fece una contea della quale infeudò suo figlio Giordano.
Nel 1204 i Pisani si impossessarono di questa città, ma ben presto l'ebbero tolta dai Genovesi, i quali uccisero quanti Pisani vi trovarono e la concessero in feudo al genovese Alamanno Costa. Caduta poi la Sicilia in potere degli Angioini, Siracusa prese parte alla famosa rivoluzione del Vespro Siciliano levando le armi contro i Francesi l'11 aprile 1282. Succeduti gli Aragonesi, Federico II nel 1315 concesse Siracusa, Noto e le borgate circostanti quale appannaggio di dote alla moglie Eleonora, e da quel tempo sino al 1537 (nel quale anno poi l'istituzione fu abolita da Carlo V) quelle città e terre costituirono i beni della Camera Reginale. Nel 1544 il vicerè Gonzaga costrinse Siracusa a donare (quanta ipocrisia in questa espressione!) 20000 scudi per la fabbrica delle fortificazioni, e queste furono costruite sotto la direzione di Antonio Ferramolino, togliendo i pezzi di fabrica dal teatro greco e da molti altri monumenti.

Durante la dominazione spagnola questa città, come tutta quanta la Sicilia fu spogliata e immiserita. Nel 1693 fu devastata da un terribile terremoto. La città di Siracusa tutta, alacremente, si impegnò per ridare nobiltà alla città. Le nuove costruzioni, in quest'epoca non potevano che essere in stile barocco, rendendola preziosa testimonianza. Tra le costruzioni notevoli in questo stile possiamo citare: Palazzo Impellizzeri, il Palazzo Beneventano del Bosco, l'Arcivescovado, Chiesa dell'Immacolata, Chiesa di San Giuseppe, Chiesa dei Cappuccini, Chiesa di San Filippo Neri, Chiesa di Santa Lucia alla Badia, Chiesa del Collegio ed altre...
Nel periodo fu costruito anche il Palazzo del Vermexio (Municipio), sede del governo di Siacusa.

Nel 1729 una nave alessandrina, in cui si trovavano alcuni appestati, approdò a Siracusa, e di lì la peste si diffuse in tutta l'isola mietendo 90000 vittime!

Nel 1734 Siracusa, essendo caduta in potere degli Austriaci fu bombardata dagli Spagnoli. Molto soffrì anche nel secolo XIX; nel 1837 per il colera e per le feroci repressioni Borboniche ordinate dal generale Del Carretto: allora cadde vittima il patriota siracusano Mario Adorno, allora la città fu punita col trasferimento della sede dell�intendenza a Noto e questa divenne quindi capoluogo di provincia invece di Siracusa.

Nel 1800 una spedizione di volontari venuta da Catania liberò per sempre Siracusa dal presidio delle truppe borboniche. Nel 1865 il Parlamento Italiano, per iniziativa dei ministro Cordova, restituì a Siracusa la dignità di capoluogo di provincia.