Dopo tanta rilevanza, con la caduta dell’impero romano, le terme andarono perse. Se, infatti  il Cristianesimo le vedeva come opera pagana e luogo di perdizione, le successive invasioni barbariche portarono alla loro devastazione. La distruzione degli impianti idraulici termali automaticamente comportò la loro inutilità e quindi la dismissione forzata.

Inizia nel periodo medievale la loro rinascita, ma su un piano totalmente diverso. Se le terme romane erano soprattutto un luogo di piacevolezze, in questo periodo l’ottica le inquadra come luogo curativo. Vengono riaperte e valorizzate terme come quelle di Abano, di Salsomaggiore e di Montecatini.
Nasce l’idrologia, si cerca di capire, cioè, gli effetti benevoli delle singole acque termali,  a seconda le loro caratteristiche, come sorgenti sulfuree, ferruginose, nitrose, albuminose ed altre. Vengono ideate nuove pratiche salutari. Oltre al bagno nell’acqua della sorgente, si effettuano anche le inalazioni dei vapori derivanti e le immersioni nei fanghi presenti in prossimità delle sorgenti. Si continua a bere abbondantemente acqua oligominerale soprattutto in presenza di problemi gastro-intestinali.
Alle nuove pratiche si assommano i primi studi sulle caratteristiche che deve avere un periodo di cure termali, quali la metodologia, l’igiene e la dietetica da associare. Il primo testo, forse il più autorevole del periodo, è quello di Michele Savonarola, il De balneis thermis naturalibus. Con l’invenzione della stampa, vengono pubblicati nuovi libri sull’argomento con ampia diffusione. Ma, oltre ai primi trattati, viene creata, in particolar modo, un’importante scuola medica, che si occupa dei benefici terapeutici delle acque termali, presso le terme Puteolane di Pozzuoli, nello stesso periodo in cui viene aperta la famosa Scuola medica salernitana.

Ciononostante, nel XVI secolo, non si conoscevano i veri motivi degli effetti indotti dalle miracolose acque oligominerali. La medicina, ancora nel Rinascimento, si basava sulla ipotesi degli umori e degli effetti negativi delle malattie. Si riteneva che la depurazione espellesse dall’interno gli umori della malattia stessa, riguadagnando, quindi,  l’equilibrio degli umori positivi alla salute.
Secondo questa logica le cure termali si arricchirono di altre novità, come i purganti presi per facilitare la depurazione, i salassi eseguiti prima e dopo il bagno terapeutico, o il moto da fare a conclusione delle immersioni, per facilitare l’uscita degli umori negativi.
L’unica vera novità fu la differenziazione del tipo di acqua rispetto al genere di malattia, come le acque sulfuree per le malattie della pelle, o le acque salso-iodiche per malattie ginecologiche.

Nel XVII secolo, grazie all’innovazione del metodo scientifico galileiano, le scienze, singolarmente in diverse branche, iniziarono i primi passi, creando quella base, che porterà, nel XVIII secolo, all’affermazione di tutta la scienza e alla fine delle improvvisazioni estemporanee precedenti.