La Villa Aragona, come molte delle grandi ville di Bagheria, fu realizzata nel Settecento come residenza estiva. Fu, infatti, costruita tra il 1712 e il 1716, dall’architetto Giuseppe Mariani, per conto di Luigi Onofrio Naselli, principe di Aragona. Nel 1803, la villa cambiò proprietario passando ad Alessandro Filangeri, principe di Cutò. Essa, da allora, venne denominata Villa Cutò, come lo è tuttora. Il passaggio di proprietà comportò la modifica del monogramma presente sul cancello, oggi vi si può leggere, infatti, le due lettere PC (principe di Cutò).

A differenza delle altre residenze aristocratiche, villa Cutò non presenta ridondanti scalinate esterne in stile barocco. Per raggiungere il piano nobile si utilizza, infatti, uno scalone interno composto da due rampe. Sul prospetto principale sono poste sul frontone due statue all'interno di nicchie, il cui stato, però, non è dei migliori. Gli interni, molto ricchi, presentano opere ad affresco, raffiguranti scene bibliche o mitologiche, attribuite al pittore Guglielmo Borremans.
Tra le parti caratterizzanti la villa vi è senza dubbio lo splendido belvedere posto sulla sommità dell’edificio. Esso era utilizzato in varie occasioni dalla nobiltà locale, sia come sede di spettacoli teatrali, riunioni, o per godere dello spettacolo dei fuochi d’artificio del Festino di Santa Rosalia della vicina Palermo.

Agli inizi del Novecento, passò di mano diverse volte, ma sempre in rapporto alla famiglia Filangeri: Alessandro Tasca di Cutò e Giuseppe Tomasi di Lampedusa, conosciutissimo come autore del romanzo “Il Gattopardo” (era legato ai Filangeri per parte materna). La villa nel 1923 fu venduta da quest’ultimo a delle famiglie bagheresi non nobili.
La storia moderna di villa Cutò, come delle altre ville della zona, inizia nel 1983 quando il comune vara una politica di acquisizione e restauro delle preziose presenze architettoniche. L’operazione, che fu diretta, fino al 1993, dall'architetto Antonio Belvedere, portò all’acquisizione dell'intero complesso monumentale nel 1987. Dal ’93 i restauri, sia per gli interni che per gli esterni, sono stati realizzati direttamente dalla Sovrintendenza BB.CC.AA e da tecnici comunali incaricati.
Oggi villa Cutò è tornata a vivere essendo divenuta sede della Biblioteca comunale "F. Scaduto" e del Museo del Giocattolo "Pietro Piraino". A questi si aggiunge l’utilizzazione di alcuni locali come "Laboratorio universitario multimediale" del Dipartimento Arti, Musica e Spettacolo, del vicino Ateneo di Palermo.