Nella sala del Fauno, che prende nome da una bellissima statua donata da Ferdinando II, sono raccolte altre sculture antiche. La sala delle Metope contiene monumenti architettonici e plastici di arte greca e due sarcofagi fenici, e suo principale ornamento sono le mentovate metope di Selinunte, provenienti da tre templi e qui collocate come erano anticamente. La prima rappresenta una quadriga; la seconda, Perseo che uccide Medusa, dal cui sangue esce il cavallo Pegaso; la terza, Ercole, che porta legati penzoloni i due Cecropi. La seconda è di stile più sviluppato. Le parti nude delle donne sono eseguite in marmo, e riportate sul tufo. Rappresentano Ercole combattente con un’Amazzone; Giove e Giunone; Diana che fa lacerare dai cani Atteone, coperto da una pelle di cervo; Pallade in lotta con un gigante. A diritta sorge isolata una metopa mal conservata e di mal sicura spiegazione. Questi tre gruppi di sculture rappresentano tre stadi diversi nella storia della plastica greca, e vanno dagli incunabili ad un'arte vicina al suo completo sviluppo.

A pianterreno si trova anche: una sala contenente frammenti architettonici, per lo più greci; e il museo etrusco Casuccini - già a Chiusi in Toscana - composto di due sale: in una si trovano pezzi arcaici con bassorilievi egregiamente scolpiti; nell'altra, sarcofagi, per lo più di alabastro.