La leggenda vuole che la fondazione di Modica si debba ad Ercole. L’Eroe greco in una delle sue Fatiche (la decima), impossessatosi dei buoi rossi del gigante Gerione, li portò in Sicilia. Tuttavia, nell’Isola gli furono rubati. Venne in suo aiuto una donna, che gli indicò tre possibili siti dove trovarli. Ed in effetti li ritrovò. Per onorare l’aiuto della mitica ragazza, nei tre luoghi vi fondò una città, dal nome Mozia. Le tre collocazioni furono: la Mozia a Capo Lilibeo, la seconda Mozia nei pressi di  Agrigento, e l’ultima, la Mozia mediterranea, dove è posta Modica. In un testo antico, infatti, si legge: “la quale non sta lungi dal Pachino, ma non presso al lido del mare”. La posizione è avvallata anche da Claudio Tolomeo, geografo alessandrino del secolo II d.C.., che unitamente colloca l’omonimo fiume di Mothukanus.
La leggenda era così conosciuta, che ancora nell’Ottocento Modica veniva chiamata “La Città di Ercole”.

Abbiamo testimonianza dei primi abitanti del sito Di Modica a partire dal periodo eneolitico, circa dal 3.200 al 2.200 a.C. Lo testimonia una piccola necropoli con una trentina di tombe "a forno ", ritrovata nel quartiere della Vignazza, nel centro storico di Modica. Poco sopra, un pianoro ospitava le antiche capanne (2.200 a.C.).
Secondo gli storici Ellanico e Filisto, i Siculi si insediarono nella zona 80 anni prima della guerra di Troia, cioè verso il 1360 a.C., La data della fondazione non viene, però, confermata dallo storico greco Tucidide, che la colloca a 300 anni prima dell’arrivo dei greci, quindi intorno al 1000 a.C. circa.
Nel Museo Etnografico L. Pigorini di Roma sono preservati ed esposti resti degli antichi insediamenti modicani, a partire da quelli di Cava d'Ispica e Pantalica, fino a quelli della Grotta del Salto dove sono stati rinvenuti numerosi bronzi risalenti all'XI secolo a.C.
L’area di Modica, come quelle di Ragusa (Hybla Heraia) ed Ispica (Cava Ispica), furono abitate dai Siculi, soprattutto, quando furono respinti verso l’interno dell’Isola dal sopraggiungere nella zona costiera dei nuovi coloni dorici e la fondazione delle prime polis siracusane di Kasmenai, Akrillai, Kamarina e Kaukana. Con la coesistenza e la vicinanza, anche i Siculi finirono per ellenizzarsi. A testimonianza di ciò, vi è il ritrovamento, in prossimità del Duomo di San Giorgio ed effettuato agli inizi del Novecento, di due grotticelle funebri, direttamente scavate nella roccia. In esse, oltre ad arredi funerari di chiara influenza greca, furono trovati piccoli oggetti ellenizzanti, quali ceramiche su base nera (stile greco) e coppe di Thapsos, probabilmente importate. Nel museo cittadino, inoltre, è presente una preziosa statuetta in bronzo del III secolo a.C. (alta 22 cm), chiamata "Ercole di Cafeo", dal nome della contrada in cui fu rinvenuta.

Oltre alla presenza dei Siculi e dei Greci, vi sarebbe stata nei pressi di Modica anche una piccola comunità fenicia di commercianti. Ad attestarlo è Placido Carrafa, storico locale del Seicento, che segnalò  (nel 1653) anche la presenza di un tempio del Sole, divinità dai Fenici, prospicente il Castello modicano. Successivamente il tempio sarebbe stato demolito da un governatore della contea.