Dopo aver tostato e macinato i semi della pianta del cacao,  provenienti da Sao Tomè in Africa, la massa di cacao ottenuta viene riscaldata ad una temperatura non superiore a 40 °C. La massa fluida ottenuta mantiene il burro di cacao proprio dei semi. A questo punto la si mescola allo zucchero (semolato o di canna) e a diverse spezie. Tra queste vi possono essere cannella, vaniglia, zenzero o, anche,  peperoncino, ma ne esistono versioni con scorze di limone o arancia.
Il cioccolato modicano mantiene una forte percentuale di cacao, almeno il 65% (nella versione "classica"), oppure può raggiungere  nelle versioni purissime) anche il 90% di cacao.

Originariamente nella lavorazione a mano della massa di cacao, venivano utilizzati speciali strumenti. Come base si impiegava uno spianatoio a mezzaluna (la valata ra ciucculatta), realizzato interamente in pietra lavica. Su di esso , preriscaldato si stendeva la pasta con un mattarello cilindrico di pietra (il pistuni). Questo poteva variare in peso e dimensioni a seconda la fase di lavorazione. Esse erano almeno tre, che venivano utilizzate per ottenere la perfetta raffinazione, detta stricata.
La bassa temperatura di lavorazione (35-40 °C) non permette lo scioglimento dello zucchero, che rimane, quindi, nell’impasto in granuli.
Il Cioccolato alla fine viene versato in apposite formelle di latta (lanni) dalla forma regolare. In esse l’impasto viene battuto varie volte per evitare il formarsi di bollicine e renderlo più compatto. Solido e freddo il cioccolato manterrà la forma del contenitore e delle scanalature. L’aspetto della barretta, un po' grezzo, sarà nero con riflessi bruni e dal gusto intenso dalla densità granulosa, ma anche vellutato e persistente.

Diretta e semplice, la lavorazione del cioccolato di Modica si caratterizza, soprattutto, per l’assenza di burro aggiunto, sia di grassi vegetali, sia di latte o lecitina.