Dopo il breve dominio angioino, i successivi Vespri siciliani (il 5 aprile 1282) e la conseguente guerra tra angioini e aragonesi, questi ultimi presero il controllo della Sicilia. Federico Mosca che era stato nominato governatore della città durante la sommossa popolare, fu confermato, da Pietro I, per ringraziamento, come Comes Mohac (Conte di Modica), che allora comprendeva gli  attuali comuni di Modica, Scicli e Pozzallo.

La Contea di Modica, come organismo che riuniva più feudi, nacque concretamente il 25 marzo del 1296. Federico II d'Aragona, divenuto Re di Sicilia, anche grazie alla proclamazione del parlamento siciliano, riunitosi solennemente nel Castello Ursino di Catania, nominò Manfredi Chiaramonte sia Conte di Modica che Signore di Ragusa. La Contea comprendeva anche i territori di Caccamo, Scicli, Gulfi, Pozzallo e Spaccaforno.

Il feudo della Contea di Modica era tutt’altro che un feudo come tutti gli altri. La sua grandezza e la sua importanza permetteva ai Chiaramonte, famiglia nobile che discendeva da Carlo Magno, di porsi quasi a pari del Re. Coprivano, in effetti, la seconda carica del Regno, un vero e proprio Viceré. La Contea di Modica mantenne questa centralità per circa 500 anni, anche dopo la famiglia dei Chiaramonte. Questi possedevano a Palermo il loro Castello, ed erano investiti della carica di Ammiraglio, Gran Giustiziere e Ministro (Siniscalco) del Regno.
Alla morte di Federico IV di Aragona, essendo l’erede minorenne, la figlia Maria, tra i quattro Vicari che gestirono l’interregno, tra il 1377 finoo al 1391, vi erano anche i Chiaramonte, nella figura di Manfredi III Chiaramonte, conte di Modica, di Malta e Gozo. La figlia di questo, Costanza Chiaramonte, andò sposa (probabilmente per interessi economici), addirittura, al tredicenne Ladislao d'Angiò, Re di Napoli e di Ungheria. Entrata di diritto nella dinastia dei D’Angiò, fu per tre anni, regina di Napoli. Quando in Sicilia, con un complotto, i Chiaramonte caddero in disgrazia, Costanza venne ripudiata dal Re angioino.

Se l’importanza della Contea non fosse già sufficiente, i Chiaramonte portarono a Modica i Cavalieri dell'Ordine Gerosolimitano di Malta, fondando la Commenda di Modica. La Chiesa di San Giovanni Battista di Modica era a capo (Chiesa Madre) di altre chiese suffraganeee poste a Ragusa Ibla, Chiaramonte Gulfi, Gela, Agira e Randazzo. All’amministrazione  della Commenda vi erano quattro cavalieri gerosolimitani, con cui collaboravano 14 Fra Donati (Frati serventi di Mezza Croce). Essa non dipendeva dal Vescovo di Siracusa, ma dal Gran Priorato di Messina dell'Ordine di San Giovanni. La Sacra Domus Hospitalis, limitrofa alla chiesa modicana, operava a favore di poveri e malati. Solo nel 1862, fu posto termine all’istituzione, con il Regio Decreto che, in sostanza,  privava dei loro beni tutti gli ordini conventuali.

Sotto gli Spagnoli
Nel 1392, Re Martino I di Montblanc nominò Bernardo Cabrera, suo fedele condottiero catalano, Conte di Modica, Ammiraglio del Regno, Giustiziere di Palermo e Gran Giustiziere del Regno di Sicilia. Bernardo Cabrera, per ottenere l’importante titolo, sulla base di falsi giudizi sull’operato politico dei Chiaramonte, aveva fatto  decapitare Andrea Chiaramonte, il legittimo erede della contea, il primo giugno 1392 a Palermo, diffondendo, inoltre, voci negative sulla nobile famiglia modicana.
Con Cabrera Modica divenne sede di una Curia di Appello per le prime e le seconde appellazioni. Avere queste ultime, era un grande privilegio, essendovi, in Sicilia, per le seconde appellazioni solo quella del Conte di Modica e dell' Arcivescovo di Monreale. Tutti gli altri facevano capo alla Regia Magna Curia. Successivamente, la contessa Anna Cabrera, nel 1481, sposò il primo cugino di Ferdinando il Cattolico, Re di Spagna e di Sicilia, l’Almirante don Federico Enriquez. Con il matrimonio i Cabrera, divennero "pari" dei sovrani di Spagna, essendone imparentati, mutando il nome in Enriquez-Cabrera (presero anche il titolo di Almirante di Castiglia). Gli sposi risiedettero a Modica nel castello della città per circa 3 anni. Nel 1485, su invito del Re Ferdinando, Anna e Federico spostarono la residenza definitivamente in Spagna, andando a risiedere a Medina de Rioseco, nel distretto di Valladolid. Non tornarono più a Modica, se non per brevissimi periodi, per curare gli affari economici modicani.

Fece altrettanto Luigi II Enriquez, tornato per censire gli averi, nel 1564, soprattutto legati ai possedimenti terrieri e alla loro gestione locale. Pochi anni dopo, nel censimento del 1569 Modica si pose come quarta città siciliana per numero di residenti, registrando 18.000 abitanti. Le prime 3 erano: Palermo  con 105.000 abitanti, Messina con i suoi 75.000 e Catania con appena 26.000 abitanti. Tuttavia, il censimento effettuato sotto Carlo V, del 1595, registrò una diminuzione sensibile della popolazione di Modica, che passò dai 18.000 ai 15967 abitanti.
La visita successiva avvenne (60 anni dopo), nel 1625, da Giovanni Alfonso Enriquez de Cabrera (conte di Modica dal 1617 al 1647), che vi ritornò una seconda volta: nel 1643. Da rilevare che Giovanni Alfonso era, in quel periodo,  Viceré di Sicilia. Naturalmente fu accolto dalla popolazione con grandi festeggiamenti. Insomma, i Conti di Modica non frequentavano Modica. Comunque sia, Giovanni Alfonso fece restaurare il Duomo di San Giorgio di Modica.
Giovanni Alfonso Enriquez de Cabrera  era figlio del conte Ludovico III e della romana Vittoria Colonna, che era nipote di Marcantonio Colonna, che era stato Viceré di Sicilia, dal 1577 al 1584. Per volontà di Vittoria Colonna, venne fondata la cittadina di Vittoria, nel 1607.
Giovanni Alfonso Enriquez è passato, poi, alla Storia per avere sconfitto, al comando dell’esercito spagnolo, nella battaglia di Fontarabia in Spagna (del 1638), Luigi II, Principe di Condé, al comando dell’esercito francese. Per la vittoria ottenuta, divenne prima Viceré di Sicilia (1641) e poi Viceré del Regno di Napoli, dal 1644 al 1646.