Modica aveva 18.975 abitanti nel 1713, tra le prime in ordine di popolazione in Sicilia, sicuramente la più importante nella Sicilia sud orientale. L’eruzione dell' Etna del 1669 colpì duramente Catania, sia per le distruzioni che per i morti. Ma non era nulla per quello che il destino aveva in serbo per la Val di Noto.
L’11 gennaio del 1693, un fortissimo terremoto colpì la Valle, con un’intensità pari a 7.8 della scala Richter. E’ stato calcolato che ebbe una potenza 20 volte superiore al terremoto di Messina del 1908. Le città e i castelli della Sicilia Sud-Est furono rasi al suolo. Ma fu la popolazione ad essere più che dimezzata: a Ragusa i morti furono 5.045 su 9.946 abitanti; a Catania si contarono circa 12.000 vittime su 19.000 abitanti; a Modica circa 3.400 su 18.203 abitanti. Dopo il terremoto, comunque, nella Val di Noto non rimanevano altro che rovine.

Nonostante la tragedia, la ricostruzione fu abbastanza veloce. A Modica fu rapidissima. Dopo tre anni appena nel Duomo di San Giorgio si svolgevano le funzioni liturgiche. Nel 1704, il vescovo di Siracusa in visita pastorale trovò tutte le chiese di Modica restaurate e funzionanti. Per il resto del patrimonio architettonico la priorità fu quella di renderne agibile il massimo possibile. Ma furono le nuove costruzioni, le decorazioni e le strutture urbanistiche a rappresentare il vero cavallo vincente. La nuova Modica fu rifatta con uno stile del tutto particolare, quello che oggi viene chiamato barocco siciliano. Sorsero sontuose facciate barocche, vedute scenografiche ed appariscenti scalinate. Con cura e attenzione gli abbellimenti proseguirono per tutto il Settecento fino ai primi dell'Ottocento.
L’opera di ricostruzione a Modica fu, relativamente facile, perché non era andato perduto l’intero patrimonio architettonico, non così per altre cittadine della Val di Noto, che richiesero una maggiore  ricostruzione. In molti casi, essendoci la totale distruzione dell’abitato, fu deciso di spostare i nuovi nuclei abitativi in altro sito. Fu così per Noto, Avola, Giarratana, Monterosso Almo e Grammichele.
Questa dolorosa ma necessaria ricostruzione, a distanza di tempo si è rivelata una incredibile opportunità.  L’intera area del sud-est siciliano, riedificata seguendo lo stile tardo barocco, si è trasformata in un prezioso e affascinante merletto architettonico, tanto che, nel 2002, l’UNESCO l’ha inserita nell’elenco dei siti Patrimonio dell' Umanità.

Dopo la controversa vicenda che investì il conte Giovanni Tommaso Enriquez Cabrera, per suoi rapporti politici tra corone, e accusato, nel 1702, di tradimento e condannò a morte da Filippo V di Spagna il conte riparò in Portogallo, dove trovò gloriosa morte nella battaglia di Portalegre, nel 1705. La contea di Modica venne espropriata ai Cabrera ed inclusa nel demanio spagnolo, per un periodo che va dal 1702 al 1713. In tale anno, con il col trattato di Utrecht, i Savoia ottennero il Regno di Sicilia e Vittorio Amedeo II  ne fu nominato Re a Palermo. Tuttavia, essendo la Contea di Modica di proprietà della corona spagnola, pur regnando i Savoia in Sicilia, fu mantenuta da Filippo V di Spagna.
Dopo che, nel 1720, l’intera Sicilia passò nelle mani di Carlo VI d'Austria, nel 1722, Pasquale Enriquez Cabrera riottenne la Contea di Modica, già del padre, morto nella battaglia di Portalegre, al comando dell’esercito imperiale. La corona austriaca si sdebitò con i Cabrera riaffidando alla loro famiglia la Contea di Modica.
Pasquale Enriquez Cabrera, però, morì nel 1740 senza eredi, e la Contea passò nelle mani della famiglia degli Alvarez de Toledo e i Fitz-James Stuart, fino al 1812, quando fu votata l' abolizione del feudalesimo in Sicilia. Nel dicembre del 1816, la Contea di Modica cessò di esistere. Poiché il latifondo della contea era già stato superato con il frazionamento e la redistribuzione delle terre ai contadini modicani nel 1452, con l'enfiteusi, la contea, anche dopo essere stata abolita, mantenne un buon rendimento economico, sconosciuto in altre parti della Sicilia.
Il titolo di Conte di Modica è ancora detenuto dei discendenti della famiglia spagnoli dei Fitz-James Stuart, Duchi di Alba de Tormes.

Nel 1817, i Borboni, che governavano l’isola, diedero vita alle Intendenze. La Contea di Modica fu frazionata in diverse Intendenze. Dopo l’Unità d’Italia, queste verranno recepite come province.
Ferdinando II di Borbone con la moglie, la regina Maria Teresa, fecero visita a Modica, nel giugno del 1844. La stanza, dove furono accolti, nella villa di campagna di Don Vincenzo Grimaldi, è rimasta intatta nell'arredamento di allora.
Dopo le rivolte siciliane del 1821 e del 1848, a cui parteciparono anche i modicani, allo sbarco di Garibaldi in Sicilia, il 17 maggio del 1860. Modica insorse. Organizzati dal patriota locale Francesco Giardina, i modicani, scacciati i Borboni, issarono il tricolore. La popolazione di Modica era in quel momento di 30.547 abitanti, molto superiore a Siracusa (19.797) e Noto (14.819).

Con la creazione dei Circondari, nel 1926, Ragusa si staccò da Modica, con un proprio Circondario. L’anno successivo (1927) fu istituita la Provincia di Ragusa, città pur inferiore, come numero di abitanti, a Modica: Ragusa contava 55.842 abitanti contro i 64.637 di Modica (Siracusa solo 46.557 abitanti).