Grandi onori vennero tributati da Ferdinando II al generale Filangieri: fu nominato duca di Taormina ed ottenne un lussuoso appannaggio di dodicimila ducati annui. In più fu nominato luogotenente generale della Sicilia, carica che rivestì fino al giugno del 1854, in pratica aveva in mano il governo dell’isola. La sua  conduzione si caratterizzò, in effetti, per saggezza e rispetto verso i siciliani. Ad esempio, il 27 settembre 1849, a Napoli, per sua volontà, riprese l’attività il vecchio ministero per gli affari di Sicilia. Il 12 ottobre 1849, invece, fece emanare il decreto che istituiva una speciale consulta, che si occupava dell’amministrazione civile, giudiziaria, finanziaria ed ecclesiastica della Sicilia, trattandola in maniera separata da quella napoletana. Seppe sempre agire in una maniera che “arricchì” la Sicilia e non penalizzandola: migliorò scuole ed università, rese autonomo il Banco di Sicilia, creò la Borsa, si occupò del debito pubblico (19 dicembre 1849), portandolo a livello di quello napoletano e iniziò il frazionamento del latifondo (decreti del 16 febbraio e del 29 marzo 1852).
Il Filangieri, , a causa di controversie con il Cassisi su parecchi aspetti amministrativi, si dimise risolutivamente l’11giugno 1854. Fu sostituito da Paolo Ruffo, principe di Castelcicalti, che di debole carattere fu remissivo nei confronti  di Salvatore Maniscalco, che ebbe mano libera con la sua polizia e le sue dure repressioni.

I tanti esuli siciliani, liberali o repubblicani, continuarono ad avere contatti con la Sicilia. Esisteva un comitato centrale segreto che divenne comitato esecutivo, dopo la creazione dei sette comitati provinciali. La polizia operava con estrema decisione sulla cospirazione liberale, non permettendo il consolidamento della struttura organizzativa dei patrioti, che rimase per lo più evanescente.
Tanti e consecutivi furono gli sbarchi di patrioti in Sicilia. Nel maggio 1854 il colonnello Giovanni Interdonato sbarcò nelle vicinanze di Roccalumera (in provincia di Messina) con un gruppo di uomini, provenienti da Malta, per incitare alla rivolta la popolazione locale, ma tristemente fallirono e finirono per essere tutti arrestati dalla polizia borbonica. Nicola Fabrizi, nel 1855, mandò alcuni suoi agitatori nell’isola, come l’inglese Vincenzo Fenech e il messinese Francesco Savona, senza alcun risultato.  Il barone Francesco Bentivegna, al confino a Corleone dal 1853, nell’illusione dell’arrivo di aiuti dagli inglesi, al comando di pochi compagni, il 22 novembre 1856, sollevò Mezzojuso, Villafrati e Ciminna, liberandone i carcerati. Gli aiuti, però, non arrivarono, e nel tentativo di imbarcarsi per fuggire all’estero, venne preso e fucilato il 20 dicembre 1856.  In quei giorni (il 25 novembre) anche Cefalù era insorta. I fratelli Niccolò e Cesare Botta liberarono i carcerati della cittadina, tra i quali vi era Salvatore Spinuzza, che divenne capo dell’insurrezione. Inutile dire che furono tutti catturati. Salvatore Spinuzza fu fucilato a Cefalù il 14 marzo 1857. Altri emissari rivoluzionari furono inviati in Sicilia inutilmente, come Maurizio Quadrio, incaricato da Mazzini, e il messinese Luigi Pellegrino, mandato dagli esuli di Malta.