La rivolta fu, però, male organizzata tra i siciliani stessi. Mentre la maggioranza dell’isola aderiva alla Costituzione spagnola, Palermo inviò emissari a Messina e Catania per farle aderire al sogno dell’indipendenza isolana. Il principe di Scaletta, investito dal Re del compito di sedare i tumulti, fece arrestare questi ambasciatori, spedendoli al carcere di Gaeta, e vietando, altresì, ai presidenti delle 7 province siciliane di avere contatti con la giunta palermitana. In pratica in Sicilia scoppiò la guerra civile.
A Palermo furono formati tre reparti armati  (soprannominati guerriglie), per lo più costituiti con galeotti liberati, e inviati contro i centri siciliani che non avevano aderito alla loro rivolta. Fu sparso molto sangue fraterno, ed avvennero eccidi come a Mistretta o quello del principe di San Cataldo a Caltanissetta, il 13 agosto 1820.
Una spedizione militare, al comando del generale Florestano Pepe, partita da Napoli, sbarcò il 5 settembre 1820 sulle spiagge di Milazzo,, protetta da navi della flotta borbonica. Raggiunto da un reparto di volontari messinesi, marciò su Palermo. Per evitare il peggio, il principe di Villafranca si incontrò con Pepe a Termini Imerese. Fu stipulato l’accordo che prevedeva: un’amnistia generale, l’ingresso delle truppe borboniche in città per il 25 settembre e la riapertura  del Parlamento siciliano. Se il trattato fu approvato dalla giunta, non lo fu dal popolo, che, gridando al tradimento, rinforzò gli sbarramenti, respingendo per diversi giorni i soldati napoletani. Il generale Pepe, il 5 ottobre, nell’attesa di rinforzi, incontrò su una nave inglese (il Racer) il nuovo capo della giunta, principe di Paternò. Anche qui si raggiunse un accordo: un’amnistia generale, la consegna dei forti  e l’adozione della costituzione spagnola, eventualmente modificata dal Parlamento siciliano.

Intanto a Napoli si insediava il nuovo Parlamento il primo ottobre.
Il generale Pepe non agiva di certo per sua iniziativa, ciononostante, fu sconfessato da Napoli, Re e Parlamento napoletano compreso. Si dimise, lasciando il comando, provvisoriamente, al suo luogotenente, principe di Campana, che iniziò arresti tra i ribelli. Venne inviato da Napoli, il 7 novembre 1820, il nuovo comandante militare della spedizione in Sicilia, il generale Pietro Colletta (futuro storico). Questi molto pragmaticamente, fece giurare la fedeltà alla costituzione spagnola e indisse le elezioni per il Parlamento di Napoli, che ancora non si erano tenute a Palermo e provincia. Non risolse gran ché, perché gli eletti palermitani si rifiutarono di partire per Napoli.
Intanto, tra le decisioni prese dal nuovo Parlamento della città partenopea, vi fu la ridefinizione delle nuove strutture amministrative provinciali e comunali, ma, soprattutto, nuove leggi sulla libertà di stampa e di religione. Il 16 febbraio del 1821, si tentò una riconciliazione con le spinte autonomistiche siciliane e venne composta una commissione, che analizzasse il problema, mantenendo, però, il principio dell’unità del Regno.